《東京教父》可說是動畫大師今敏最溫暖、也最不像他其它作品的電影。它的故事原型來自Peter B. Kyne的作品,曾數度被好萊塢改編,包括1948年由約翰福特導演、約翰韋恩主演的電影《荒漠義俠》(3 Godfathers)。《東京教父》將其概念大幅改編成當代東京的故事,街頭三位流浪漢:酗酒男人阿銀、變裝皇后小花、翹家少女美由紀,於平安夜在找尋食物的時候發現棄嬰。小花將這當作耶誕奇蹟,原本想要自己養,但這三人是流浪漢,當然不太可能給寶寶好生活,於是決定找尋孩子的生母,也因此踏上一段奇蹟旅程......
這三位主角是充滿遺憾之人,被迫離開了原來的生活,但對過去抱著虧欠,不曉得該如何面對。電影緩步揭曉他們三人的祕密過往,也漸漸打開他們的防衛。